Le personnage de Saint-Michel ne se réfère à aucun personnage ayant existé. On trouve des sanctuaires dédiés à ce saint en Grèce, où la guérison avait lieu par incubation, c'est à dire que le remède était donné par l'Ange. Rappelons que dans la religion catholique les anges sont des créatures spirituelles, classées en différentes catégories au nombre de neuf, dont celle de l'archange, type d'Ange supérieur dont sont Michel, Raphaël et Gabriel. Saint-Michel apparaît ensuite en Italie où une grotte lui tiendra lieu de sanctuaire, au mont Gargon, et une basilique dans les environs à la suite de deux apparitions. L'ange parviendra par la suite en Gaule, notamment au Mont-Saint-Michel. Le lieu du Mont fut indiqué à saint Aubert, prélat d'Avranches, au moyen d'un taureau.
C'est avec le " Roman du Mont " de Guillaume de Saint-Pair, que le mont devient le centre principal du culte du saint, devant le Mont Gargon entres autres. Historiquement, c'est par la fondation d'un sanctuaire par le fameux évêque d'Aubert en 709 que le Mont fait parler de lui, sanctuaire consacré à saint Michel où l'on mène une vie quasi-érémitique, avant de passer en 966 aux bénédictins, sous l'impulsion de Richard 1er, duc de Normandie. Saint Anselme, dit Anselme de Cantorbéry, auteur de la preuve ontologique a occupé une chaire à Avranches pendant quelques temps.
Le monastère est, dès avant l'incendie de 922, un lieu de pèlerinage. Au cours du 12ème siècle l'abbaye va devenir importante grâce aux pèlerinages et à de nombreuses donations. Robert de Torigny est l'un des abbés les plus importants de ce siècle, car il fait doubler le nombre de moines (passant de 30 à 60) et fait faire des constructions, dont celles de deux cachots, symbole de sa puissance, sous le logis particulier qu'il se fait bâtir à l'écart des autres moines. C'est sous son égide que le Mont-Saint-Michel se dote d'une bibliothèque.
Le Mont fut à nouveau victime d'un incendie par le geste d'un soldat de Philippe-Auguste dans la guerre opposant ce roi à l'Angleterre, préjudice réparé par une donation importante en argent qui servit à financer la Merveille à l'entrée du Mont.
Tout au long du 14ème siècle, l'abbé prend une importance de plus en plus grande, touchant directement une partie des revenus du Mont, ayant ses armoiries, et un logement de plus en plus grand et confortable. Un des abbés les plus importants, Pierre le Roy(mort en 1410), fut l'un des conseillers du roi Charles V.Son successeur, Robert Jolivet, alla même jusqu'à quitter un temps le Mont, n'aimant sans doute pas son isolement, pour se loger dans un hôtel à Paris. Il reviendra au Mont pour le quitter bien vite pour se ranger du coté du roi d'Angleterre Henry V, le Mont restant le seul lieu de Normandie fidèle à Charles VII. Les noms des chevaliers résistants sont indiqués sur un tableau dans le croisillon nord de l'église. Le Mont sut résister à l'ennemi de longues années durant, malgré quelques journées périlleuses, et un incendie de la ville en 1433, à une époque qui connut aussi Jeanne la Pucelle.
Louis XV, qui a fait par la suite plusieurs fois le pèlerinage du Mont, y a aussi installé une prison d'état et une machine de torture, une loge de bois oscillant qui fut détruite en 1777. Le Mont devint à nouveau une prison pour les prêtres réfractaires après avoir été baptisé Mont-Libre en 1790. Auparavant, un terme avait été mis aux relâchements des mœurs des moines, sous l'impulsion du cardinal de Lorraine et de sa famille, qui en plus de réparations, fit progressivement remplacer les bénédictins (adepte de la dive bouteille et de beaux vêtements) par des mauristes, de la congrégation de Saint-Maur, qui s'adonnèrent au travail intellectuel, notamment à l'histoire.
Le Mont perdit son rôle de prison en 1863.
Ce fut le gouvernement de Georges Pompidou qui en 1966 finança en partie la célébration du Millénaire de la fondation du monastère bénédictin.
